それまで手コピー deploy してたのですが,rsync で半自動化しよう,と思い,
rsync -avz /foo/bar there:/foo/bar
とかやりました。しばらく気づかなかったんですが,修正が反映されない。なぜだろうと思って見てみたら,there に /foo/bar/bar というフォルダができていました。
rsync -avz /foo/bar/ there:/foo/bar
これで解決。そもそもはじめの頃手コピーの残骸が残っていたので,古いコンテンツでは動いていたんですね。それでしばらく気づきませんでした。